اولین چیزی که خیلی در معماری ژاپنی جلب توجه می کند وجود اصالت در سازه های آن است,سازه های معماری ژاپنی علیرغم ادغام با سبک های غربی,همچنان روح و هویت سنتی خود را حفظ کرده و به مخاطب تلفیقی از مدرنیته و سنت گرایی را نشان می دهند.
ارزش نهادن به چوب یکی از مشخصه های اصلی و مهم معماری ژاپنی,بکارگیری چوب در ساخت خانه ها است. ژاپنی ها غالبا این چوب ها را رنگ نمی کنند تا شکل و حالت طبیعی خود را از دست ندهند.اهمیت به طبیعت و مواد طبیعی مانند چوب یکی از ویژگی های معماری ژاپنی است.
ایوان های چوبی(engawa) خانه های قدیمی ژاپنی معمولا دارای یک ایوان چوبی بلند هستند که در حاشیه بیرونی خانه قرار دارد.
فاصله از زمین خانه های ژاپنی به دلیل این که در زمان های قدیم بیشتر از چوب ساخته می شدند و چوب نیز نم و رطوبت را به خود می کشد به همین خاطر این خانه را کمی از زمین با فاصله می ساختند که نم و رطوبت زمین را به خود نکشد و دوام بیشتری داشته باشد.
دیوار کشی اطراف خانه ژاپنی ها در شهر ها و روستاهای خود,برای جداسازی مرز خانه ها از دیوار های بتنی استفاده می کنند. اما در برخی از شهر ها مانند توکیو(Tokyo)این مرز با دیوارهای سنگی مشخص می شود.دیوارکشی اطراف خانه یکی از ویژگی های معماری ژاپنی است.